O PAPE-FCM tem como principal objetivo prestar assistência psicológica ao estudante de graduação em medicina, constituindo-se como um lugar institucional para o endereçamento das questões emocionais dos alunos, sejam estas de caráter acadêmico ou pessoal. A atuação do PAPE respeita o princípio de indissociabilidade entre ensino-pesquisa-extensão, dessa forma, o Programa atua através de atendimentos clínicos, coordenando projetos de extensão, realizando atividades de pesquisa e ações intersetoriais.
Utilizando-se do referencial teórico da psicanálise, o PAPE oferece atendimento clínico a todos os estudantes que procuram o Programa ou são encaminhados por professores, coordenadores ou outros colegas. Os alunos podem solicitar o atendimento comparecendo à sala do PAPE, entrando em contato por email (papefcmuerj@gmail.com) ou respondendo o formulário disponibilizado nas redes sociais (instagram: @papefcmuerj https://linktr.ee/papefcm). O PAPE também realiza busca ativa a partir da solicitação de colegas e professores.
No início de todo ano letivo o PAPE participa da programação da Semana de Recepção aos alunos ingressantes, promovida em parceria com o Centro Acadêmico Alexander Fleming (CASAF). No período de uma manhã durante a Semana de Recepção dos Alunos Ingressantes, o PAPE promove uma dinâmica de grupo com os alunos ingressantes, objetivando promover a integração da turma e iniciar, junto a eles, uma reflexão sobre a escolha pela profissão médica e as expectativas em torno do curso.
No âmbito da Faculdade de Ciências Médicas, o PAPE vem contribuindo para o debate e elaboração de ações de prevenção e promoção da saúde dos estudantes, reflexões sobre o processo de ensino-aprendizagem, bem como a formulação de estratégias para uma política de assistência de qualidade de vida dos discentes.